Um dos maiores desafios do pediatra ao atender um adolescente é estabelecer limites entre o que deve e o que não deve ser feito em relação às questões de confidencialidade, privacidade e autonomia do adolescente. Isso acontece porque o adolescente pode revelar ao pediatra informações desconhecidas até mesmo para a sua família.
A confidencialidade só será quebrada em caso de risco de morte para ele ou para terceiros como: risco de suicídio, doenças graves, procedimentos de notificação compulsória, maus-tratos, intenção de aborto, gravidez, uso de drogas, distúrbios alimentares e crimes.
Procedimentos invasivos e intervenções cirúrgicas só podem ser realizados com a autorização dos responsáveis.